O descobrimento do Brasil em 1500 veio a ensejar uma nova oportunidade para esse povo sofrido. Já em 1503 milhares de “cristãos-novos” vieram para o Brasil auxiliar na colonização. Em 1531, Portugal obteve de Roma a indicação de um Inquisidor Oficial para o Reino, e em 1540, Lisboa promulgou seu primeiro Auto-de-fé. Daí em diante o Brasil passou a ser terra de exílio, para onde eram transportados todos os réus de crimes comuns, bem como judaizantes, ou seja, aqueles que se diziam aparentemente cristãos-novos, porém, continuavam em secreto a professar a fé judaica. E é nesses judaizantes portugueses que vieram para o Brasil nessa época que queremos concentrar nossa atenção.
De uma simples terra de exílio a situação evoluiu e o Brasil passou a ser visto como colônia. Em 1591 um oficial da Inquisição era designado para a Bahia, então capital do Brasil
